Kdy byla kaple postavena se přesně neví. Kaple byla původně zasvěcena sv. Janu Nepomuckému. V roce 1870 byl v ní zavěšen nový zvon, který byl v průběhu první světové války zrekvírován.  Zasvěcení sv. Janu Křtiteli proběhlo po její rekonstrukci v roce 1921. První mše svatá zde byla sloužena na den jeho narození 26. června téhož roku.  

Od kapličky se dříve konala na svátek sv. Jana Nepomuckého procesí do Držalského lesa, kde dříve stávala u studánky dřevěná kaplička. Po zasvěcení kaple sv. Janu Křtiteli v roce 1921 se v Prapořišti držely dvě pouti. Češi na svátek Jana Křtitele a Němci i nadále na svátek sv. Jana Nepomuckého s procesím. 

Název vsi

Ukořistěné prapory poražených z bitvy u Brůdku mezi knížetem Břetislavem a Jindřichem III. v srpnu roku 1040 prý česká vojska nesla kus cesty s sebou, ale nakonec je nechala na jednom místě, jež po nich obdrželo jméno Prapořiště.

Pramen: Chodské pověsti a legendy, 2004.